現在の官邸は2002年（平成14年）4月22日から使用されている。(建設は1999年、2000年、2001年、2002年の期間行われ、2002年に旧官邸より官邸機能を移行した。)

地上5階、地下1階の鉄骨鉄筋コンクリート構造で、震度7にも耐えられる。最上階になる5階には内閣総理大臣、副総理（必要時に任命）、内閣官房長官、内閣官房副長官の執務室、4階には閣議室、内閣執務室、特別応接室が置かれ、この2層に執務機能が集中している。3階は事務室と玄関ホール、2階にはレセプションホール（大小のホール）と貴賓室が設けられている。1階は記者会見室や記者クラブなど広報関係の施設がある。地階は総理官邸危機管理センターとなっている。

また、内閣府へとつながっている地下トンネルがあり、屋上にはヘリポートが設置されているほか、官邸前の前庭はヘリポートになるように設計されている。

傾斜地に作られているため、西側の入口は1階だが、東側にある正面の出入り口は3階となっている。組閣後の閣僚記念撮影が行われる階段は3階から2階に降りる階段である。同敷地内に官房長官公邸、宿舎などもある。

建設工事の際、山王パークタワーやキャピトル東急ホテルといった高層ビルが新官邸に隣接していることが問題となり、官邸からは、高層ビルに面した側から窓を取り除くなどの設計変更のうえ、高層ビルに対しては官邸に面した窓が開かないよう改修を要請した。さらにテロ対策として、敷地は高さ5メートル以上のコンクリート製防護壁で囲まれている。周辺の道路は警視庁の警察官によって封鎖され、歩行者は基本的に通行できるものの、一般車両の通行は規制されている。総理大臣官邸の警備は、敷地内は警視庁総理大臣官邸警備隊が担当し、敷地周辺は警視庁機動隊の9つの大隊が持ち回りで担当している。

官邸内に飾られる絵画や彫刻は、官邸事務所の所蔵品だけでなく、文化庁経由で無償で借り受けた日本美術展覧会（日展）入選作などが含まれている。官邸敷地内には庭園があり、庭池もある。2014年8月には、官邸前庭にあった循環式の人工池が、設備老朽化のため埋め立てられ、緑地に変更された。


■ 官邸概要
敷地面積：4万6000平方メートル
建物寸法：敷地 90メートル × 50メートル、高さ35メートル
延床面積：2万5000平方メートル
構造仕様：地上5階、地下1階
主要構造：鉄骨鉄筋コンクリート造
建設費用：435億円（総工費：約700億円）
設計部署：建設大臣官房 官庁営繕部